食品样品的采集是微生物检验的重要组成部分，用于检验的样品数量和状况具有重要意义。这对取样人员和制样人员提出了很高的专业要求，既要保证样品的代表性和一致性，又要保证整个微生物检验过程在无菌操作的条件下进行。微生物检验样品的采集大致分为取样、包装密封、标识、样品的运输、接收、保存几个环节。
一、样品的取样
取样是指在一定质量或数量的产品中，取一个或多个代表性样品，用于感官、微生物和理化检验的全过程。
首先在取样之前应确认货、证是否相符。其次取样工具要达到无菌的要求，对取样具和一些试剂材料应提前准备、灭菌。如果使用不合适的采集工具，可能会破坏样品的完整性，甚至使样品采集毫无意义。
应根据不同的样品特征和取样环境，对取样物品和试剂进行事先准备和灭菌等操作。另外要保证样品能够代表整批产品，其检测结果应具有统计学有效性，样品到达实验室时的状况应能反映出取样时产品的真实情况。
二、样品的包装密封
为保证样品的完整性，装有样品的包装物应进行封口，以证实其可靠性，即从取样地点至实验室这段时间不发生任何变化。可采用自粘胶、特制的纸黏着剂或者石蜡等封口，封口处应留有填写日期、检验人员和货主签字的地方，然后盖上专用的印章。
三、样品的标识
取样过程中应对所取样品进行及时、准确的标记。取样结束后，应由取样人写出完整的取样报告。样品应尽可能在原有状态下迅速运送或发送到实验室。
保存的样品应进行必要的清晰的标记，内容包括：样品名称，样品描述，样品批号，企业名称，地址，取样人，取样时间，取样地点，取样温度(必要时)，测试目的等。标记应牢固并具防水性，确保字迹不会被擦掉或脱色。所有盛样容器必须有和样品一致的标记。在标记上应记明产品标志与号码和样品顺序号以及其他需要说明的情况。标记应牢固并具防水性，确保字迹不会被擦掉或脱色。当样品需要托运或由非专职取样人员运送时，必须封死样品容器。
四、样品的运输
取样结束后应尽快将样品送往实验室检验。如不能及时运送，冷冻样品应存放在-15℃以下的冰箱或冷库内；冷藏和易腐食品存放在0～4℃ 冰箱或冷藏库内；其他食品可放在常温暗处。微生物检验样品应在取样后6 h以内送达实验室进行检验。
样品的运输过程必须有适当的保护措施(如密封、冷藏等)，以保证样品的微生物指标不发生变化。运送冷冻和易腐样品应在包装容器内加适量的冷却剂或冷冻剂，但样品不可与冷却剂或冷冻剂直接接触，保证途中样品不升温或不融化，必要时可于途中补加冷却剂或冷冻剂。运送水样时应避免玻璃瓶摇动，水样溢出后又回流瓶内，从而增加污染。如不能由专人携带送样时，也可托运。托运前必须将样品包装好，应能防破损，防冻结或防易腐和冷冻样品升温或融化。在包装上应注明“防碎”、“易腐”、“冷藏”等字样。同时做好样品运送记录，写明运送条件、日期、到达地点及其他需要说明的情况，并由运送人签字。
五、样品的接收
在接收样品时，实验室应与送样人共同相互确认样品与委托单上的内容是否一致。确认内容一般包括：品名；检验目的；检验项目；形状和包装状况(同体、粉状、冷冻、冷藏、零售、批发、无菌包装等都不同)；抽样数量(个数和质量)；抽样日期及送达日期；抽样地点；随货样附带的许可请单编号；生产国或者生产厂家名称(进口商品)；抽样者的单位、姓名及有无封印；其他搬运、储存、检验时的注意事项。
六、样品的保存
实验室接到样品后应在36 h内进行检测(贝类样品通常要在6 h内检测)，对不能立即进行检测的样品，要采取适当的方式保存，使样品在检测之前维持取样时的状态，即样品的检测结果能够代表整个产品。实验室应有足够和适当的样品保存设施(如冰箱或冰柜等)。保存的样品应进行必要和清晰的标记，内容包括：样品名称，样品描述，样品批号，企业名称、地址，取样人，取样时间，取样地点，取样温度(必要时)，测试目的等；样品在保存过程中应保持密封性，防止引起样品pH值的变化。
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